转眼到了1910年春，乡村的学习再也不能满足他的求知欲望，年仅14岁的吴石在家人的带领下再次来到当时福建的政治、经济、文化中心——福州，参加热门学校开智小学堂的春季入学考试。考试自然不在吴石的话下，他等的是红榜题名。一张红榜出来了，吴石挤进拥挤的人群中，“吴虞薰”三个字赫然榜上。
开智小学堂在废科举、办新学的浪潮中兴办起来的。倾向维新运动的知识分子张运枢等人认为仅仅有一个开智学会还不够，决议创办一所新学堂，取名“开智小学堂”。很快这一申请得到清政府学务处的批准。1904年10月，开智小学堂在福州台江南禅寺开张。尽管依托寺院的院舍办学，但学堂里弥漫倡导新学的清新空气，与寺院的肃穆、呆板形成极大的反差，所聘教师都是当时福州地区的知名人士，富有开放、开明的思想。开办不久，就在福州地区名声大震。吴石进了这所学校后，身临闹市，眼界大开，他在思想上和政治上的发展实际上是这时才开始。他后来曾向好友说过：在乡村读了几年私塾，只知背诵古书；到开智小学堂才开始读历史教科书，读到鸦片战争、太平天国、中日战争等事件，知道国家、民族有被瓜分的危险。尽管吴石对待社会问题的观点尚未形成，但对外界的看法显然是积极和明朗的。
吴石在这里学习整整一年。这一年，对吴石一生的意义，不是因为进城入学，而是吴石的文学兴趣从这一年开始。他自认为：“余之文学根底，得以奠立初基。”①他对中国传统文化发生了休戚与共、血肉相连的感情，从此，无论在国内，还是在国外，文学情怀成为他生活中的一部分，书卷气成为他身上挥之不去的标签。
一年后，吴石告别开智小学堂，转入西方教会创办的榕城格致书院读书。是什么原因让他有转学的念头？现在无从考证。但榕城格致书院的名声在当时却是响当当的。榕城格致书院坐落于福州市中心的于山北麓，环境优美，清幽宜人。她的前身为清道光廿八年（1848年）由外国传教士创办的保福山学校，后取《礼记·大学》中“致知在格物，格物而后知至”改名为“格致学校”，之后又改名为“格致书院”。到了1911年，格致书院已拥有雄厚的师资力量，除美籍教职人员外，国内名牌大学和院校的优秀毕业生加入到教学、行政管理的各个领域。该校很诱人的招牌是这里大部分学生能够直接插入国内名牌大学和美国任何一所大学的三年级续读，学业优秀者保送升入美国哈佛大学、华盛顿大学等名校深造。尽管这里学杂费比福州同等学校高，但对吴石来说，有太多的诱惑——一流的教育质量、远渡重洋的机遇……这些恐怕都吸引吴石想转学于此。吴石的想法得到望子成龙的父亲的支持。
在这里，他尽情呼吸着新知识弥漫的空气，第一次接触西方教育，伦理、格致、体操……这些在私塾听也不曾听说的课目，在开智小学堂所未设置的课程。当他接触这些新奇的知识，感到眼界确实开阔多了，眼前的世界斑澜多彩！他的求知欲、好奇心迅速找到满足的空间。
在这里，他也呼吸到不曾体验过的宗教气息。这所学校与之前的开智小学堂大为不同，开智小学堂依靠寺庙而不寻佛家之道，榕城格致书院却极严格遵循宗教生活。学校规定，每个学生不论信教与否都得参加中规中矩的宗教仪式，每日上午课前30分钟举行晨祷会，三餐前也要祈祷，每星期日参加礼拜，用常态的宗教生活教导每一个学生在信仰道路上匍匐前行。对于吴石的政治人格塑造而言，信仰的因子就在这里悄然生成。在课堂上，他第一次听到广州黄花岗起义，老师用自己的语言诉说黄花岗七十二烈士惊天地、泣鬼神的义举，告诉同学们在七十二烈士中福建籍就占到近三分之一。老师的泣诉深深打动课堂上的学生，也深深触动吴石的灵魂。吴石对先烈们的义举钦佩不已，对先烈们的敬意在内心深处油然而生，林觉民、方声洞等勇士的英名定格在他的脑海里。忠贞、爱国等字眼深深烙印在吴石的心里，虽然忠贞、爱国具体指什么，他尚不清楚，但为天下人谋福祉的思想在他幼小的心灵留下了种子。当然，他想都没想到：多年后，他有缘在方声洞胞弟方声涛手下做事，并得到方不遗余力的帮助。人生就是如此的让人难以琢磨！
之后，吴石不时听到各地不断爆发举义的传闻，大清帝国要覆灭的信息一天天多起来。1911年10月，辛亥革命的枪炮声打破了中华大地的宁静，统治中国数千年的封建王朝顷刻间分崩离析。1911年10月10日，武昌首义成功，革命的浪潮很快席卷福州。离武昌首义不到一个月，福建革命党人奋起起事，将前敌总指挥部设在于山大士殿观音阁。11月8日拂晓5时战斗打响，闽浙总督松寿见大势已去，只得吞金，一命呜呼。9日，旗兵挣扎反扑，革命军予以迎头痛击。10日晨，革命军俘虏清福州将军朴寿，朴寿被押到于山观音阁丹井旁处决，八旗都统胜恩见无力回天，率残余1300多名旗兵向革命军投降。短短的几日，福州迎来光复。在全国范围内，福州成为17个最先光复的城市之一。吴石身处福建革命的中心，目睹革命声胜利后的景象，内心涌动着一股炽热的躁动。