吴石研究《孙子兵法》一度如痴如醉，出版有专著《孙子兵法简释》，因此又被军界公认为研究孙子兵法的专家。
古往今来，谈论兵家者无不首推孙武，其著作《孙子》又称《孙子兵法》，是我国现存最早的古代军事名著，被世界公认为“兵学圣典”。孙武为春秋末期齐国人，其生卒年月不可考，约与孔丘同时期，活动于公元前六世纪末至前五世纪初。他从齐国出奔到南方的吴国，经吴王重臣伍子胥的推荐，吴王阖庐知他善于用兵，便重用为将。他同伍子胥辅助吴王经国治军，对于吴国的崛起，“西破强楚，入郢，北威齐晋，显名诸侯”（《史记·孙子吴起列传》），起过重要作用。
它问世后，对我国古代军事思想的发展，曾产生过重大影响。早在战国时期，《孙子》就广为流传。韩非在《五蠹篇》中说：“境内皆言兵，藏孙、吴之书者家有之。”战国军事名著《吴子》、《孙膑兵法》、《尉缭子》等就引用并发挥了《孙子》的若干军事思想。1972年在山东临沂银雀山一座西汉墓葬中，发现迄今最早的竹简《孙子》等大量兵书残简，说明西汉时《孙子》流传也是很广的。三国著名军事家曹操称赞《孙子》说：“吾观兵书战策多矣，孙武所著深矣”（《曹操集·孙子序》），并对《孙子》作了注释。唐太宗李世民同其名将李靖问对兵法时，说：“观诸兵书，无出孙武”（《李卫公问对》）。从战国以来，《孙子》为历来军事家所重视和推崇，研究者不乏其人。
《孙子》全书共十三篇，论述了“计”、“作战”、“谋攻”、“形”、“势”、“虚实”、“军争”、“九变”、“行军”、“地形”、“九地”、“火攻”、“用间”等问题。在这些问题的论述中，孙武揭示出一些具有普遍意义的军事规律。吴石对此进行了深入的研究，深为孙武的伟大战略战术思想所折服。
在如何辨别胜负结果的问题上，一般人习惯于按照“胜方”和“败方”的概念来划分。而孙武却不这么认为，他在《军形篇》中指出，“不可胜在己，可胜在敌”，也就是说，胜负的结果除了胜与败之外，还有“不败”的状态。吴石认为，与即胜即败的单纯二分法相比，《孙子兵法》中的理论极大地丰富了战略内涵，便于人们在实战中更灵活地应用。不仅如此，孙武还对“战争的必要性”这一涉及战略基础的问题提出大胆的质疑。在《谋政篇》中指出“百战百胜，非善之善者也；不战而屈人之兵，善之善者也”，这句名言公然否定勇武的思想。吴石认为，从自古以来的历史来看，《孙子兵法》中包含战略的真理光芒无人能及。
孙子碑亭
在抗日战争胜利还都后，1945年，军界同仁选定在苏州著名的风景区虎丘修建孙子碑亭，一致推崇吴石将军撰写碑文，足见其在同仁中的影响。1948年10月，吴石受袍泽之托写就了《孙子碑亭记》。只可惜战乱，碑亭虽建，碑文终未立。我们只能从仅存的吴石将军《孙子碑亭记》的手稿略见一斑。现将这段珍贵的文字抄录如下：
抗战胜利之翌年，我杀敌卫国之袍泽，相与筹建孙子纪念亭于虎丘之上，所以瓣香行哲，丕显武功，甚盛事也。期年亭成，请记于余。余维三代以往，兵民不□，教三大道，亦文与武兼，即国民基本之教育。西汉以后，此者渐微，自□兵改而□，于是三代之意，全不可见。不知建国与建军相离，生活与战斗不一，则国防成为少数部分人之责，国之不弱且亡此畴不可得。孙子曾云：“兵者，国之大事，死生之地，存亡之道，不可不察也。”此所谓兵，亦即今日所指之国防。然以今日言之，国防固□全民负责，兵不固□□，举国皆兵，而甚能□□之胜利者，尤在于科学。战术战略合于科学，战甚武器亦合于科学，有关作战一切均合于科学，则战争能□□。孙子既主张全面□□，其十三篇虽无科学之名，无一不合于科学。明人言：□□孙子者不及孙子，及孙子者不□□孙子。千岁将兵，有成者，有败者，勘某事迹，皆与孙子所著一一相抵当，□□印团模刻，一不差失。不惟中国，外国亦然。欧美日本之军事学家，莫不服膺孙子。孙子之声光，洋溢于古今中外矣。抑余尤有进者，吾国以武德为尚，三代五者之师，司马九伐之法，有异于今日列强之侵略主义，然则，为世人效法者也。斯亭之成，固以纪念孙子，亦以表扬吾中华开德于世界者也，是不可以不记。
《孙子碑亭记》手稿
吴石用喷涌而出的激情，把原本一篇普普通通的祭奠文字融入孙子理论的深湛哲理，写得奇崛雄健、浩气充塞，一种“以表扬吾中华开德于世界”的自豪感跃然纸上。尽管底稿中有个别地方（在引用时用“□”标出）难以辨识，全文不可能完全复原，但不影响读懂全文的深意。今天读来，仍可感受到其希望发扬中华荣光的心情。
在军界的推动下，苏州地方政府着手整修虎丘名胜，筹建孙武纪念亭。纪念亭设计建为六角形小亭，因内战未能建成。吴石所写碑文也因此束之高阁，成为多余的文字。1955年，重建孙武亭。亭内匾额“孙子之亭"及碑刻上的题句均出自中国人民解放军大将张爱萍之手。题句为“孙子兵法，克敌制胜。娇娘习武，佳话留传”。一个小小的孙武亭，寄托国共高级将领多少孙武情结！